Le musée organise régulièrement des campagnes de dépoussiérage dans ses espaces d’exposition afin d’assurer une protection et une conservation satisfaisantes des collections.

Dans la salle des plaques, deux campagnes sont organisées chaque année (une au printemps et l’autre à l’automne) afin de dépoussiérer le mobilier et les boîtes originales en bois dans lesquelles étaient conservées les autochromes jusqu’en 2000 (cela concerne plus de 1 500 boîtes), de vérifier le piégeage des insectes et de détecter d’éventuelles apparitions de moisissures.

Un dépoussiérage total des œuvres a été organisé dans le parcours permanent en 2025, il sera renouvelé chaque année.